Η Επιτροπή Εκπαίδευσης και Ερευνών (Ε.Ε.Ε.) του Τ.Ε.Ι. Σερρών λειτούργησε για πρώτη φορά το 1990. Το 2004 η Συνέλευση του Ιδρύματος με την αρίθμ. 3/23-9-2004 απόφασή της, ενέκρινε τον τελευταίο ισχύοντα Οδηγό Χρηματοδότησης και Διαχείρισης που συντάχθηκε μετά την έκδοση της Κ.Α./679/22-8-96 Υπουργικής Απόφασης, η οποία αντικατέστησε την Β1/819/1988 απόφαση.

Η έρευνα στο Τ.Ε.Ι. Σερρών είναι ελεύθερη μέσα στα πλαίσια της ακαδημαϊκής και επιστημονικής δεοντολογίας. Τα αποτελέσματά της είναι προσπελάσιμα από όλα τα μέλη της επιστημονικής κοινότητας και το κοινωνικό σύνολο. Με απόφαση της Ε.Ε.Ε. επιτρέπεται η προσωρινή εμπιστευτικότητα στοιχείων με σκοπό την προστασία διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας και πρωτότυπων ανακοινώσεων ή δημοσιεύσεων.

Ο Ειδικός Λογαριασμός Κονδυλίων Έρευνας του Τ.Ε.Ι. Σερρών λειτουργεί σύμφωνα με την ΥΑ ΚΑ 679/96 περί σύστασης "Ειδικών Λογαριασμών Κονδυλίων Έρευνας" (ΕΛΚΕ) στα ΑΕΙ/ΤΕΙ της χώρας και σύμφωνα με την εθνική και κοινοτική νομοθεσία. Είναι το θεσμοθετημένο όργανο του Τ.Ε.Ι. Σερρών για τη διαχείριση της έρευνας και των συναφών δραστηριοτήτων του Ιδρύματος.

Σκοπός ίδρυσής του είναι η διάθεση και η διαχείριση κονδυλίων που προέρχονται από οποιαδήποτε πηγή και προορίζονται για την κάλυψη δαπανών απαραίτητων για τις ανάγκες των έργων που αναλαμβάνει να υλοποιήσει.